Az ezredforduló óta folyamatosan, megállíthatatlanul melegszik a legnagyobb tavunk vize. A Balatoni Limnológiai Kutatóintézet legfrissebb tanulmánya szerint a tó átlag hőmérséklete Keszthelynél nőtt a legtöbbet. Itt közel 2 fokkal melegebb a víz, mint 24 évvel ezelőtt. A műholdas felvételek és a helyi mérések alapján pedig a Balaton átlagosan 0,7 fokkal melegedett ezen időszak alatt.
Érdekesség, hogy a tó egyes részei máskor melegednek jobban. A sekélyebb, nyugati részeken főként tavasszal és nyáron, míg a mélyebb, keleti területeken inkább ősszel és télen jellemző a melegedés. A Balatonhoz hasonló sekélyebb tavak pedig alapvetően érzékenyebbek a klímaváltozásra – hívta fel a figyelmet a Telex cikke. Ezek ugyanis gyorsabban melegednek fel és hűlnek le. A magasabb hőmérséklet miatt pedig több vizet párologtatnak el. A következő évtizedekben pedig hasonló ütemű melegedés várható. Ezen az se segít, hogy a tó partját folyamatosan építik be. Li Huan, a tanulmány egyik szerzője elmondta, hogy ez esetben nem a kikötőkre kell gondolni, pontosabban azok számára és méretére. Hanem a part városiasodására és az emberi tevékenységre, mint a feltöltések, amik melegítik a tó vizét.
A legnagyobb probléma a melegedéssel az, hogy az enyhébb telek és a meleg nyarak kedveznek a Balatonban élő invazív fajoknak, mint a szubtrópusi és trópusi algák, halak. Ezzel szemben az őshonos fajokat ( ponty, harcsa, fogas)a kihalás fenyegeti, ha nem tudnak alkalmazkodni a megváltozott körülményekhez.
